DIAT ADN TRANSFERT

Résumé du projet

La qualité écologique des milieux aquatiques est contrôlée avec une large palette d’outils normalisés. Parmi ces outils, il y a les bio-indicateurs, tels que les micro-algues et les diatomées en particulier. L’analyse des diatomées est traditionnellement réalisée avec des microscopes (identification et comptage manuels), des listes micro-floristiques sont dressées et permettent de mesurer la qualité écologique des milieux. Ces analyses sont requises dans le cadre de la Directive Cadre Européenne sur l’eau. Des 1000iers d’analyses sont réalisées en France chaque année de cette manière par des laboratoires prestataires spécialisés.

L’UMR CARRTEL développe depuis 10 ans une méthode automatisée basée sur du séquençage ADN haut débit d’échantillons environnementaux : le métabarcoding. L’identification des séquences d’ADN de diatomées est réalisée par bio-informatique. Cette nouvelle méthode allie précision, régularité, vitesse et réduit les couts. Plusieurs publications scientifiques décrivent cette méthode, mais il manque des publications opérationnelles de ces protocoles et la mise en place de tutorats pour les laboratoires prestataires souhaitant proposer ce nouveau type d’analyse à leurs clients.

L’UMR CARRTEL est sollicité de plus en plus fréquemment pour réaliser ce transfert par des industriels/laboratoires privés. Des formations ont été réalisées, mais elles restent insuffisantes pour réaliser un transfert technologique de manière optimale. Nous avons malheureusement déjà rencontré un cas de mauvaise application de la méthode où des résultats erronés ont été diffusés et risquent d’entacher la réputation de la méthode.

D’autre part, les laboratoires privés/industriels qui commencent à appliquer cette nouvelle méthode produisent de nouvelles données. Ces données pourraient être réutilisées par la communauté scientifique dans un cadre de recherche fondamentale et dans un proche avenir favoriser de nouvelles avancées scientifiques et de nouvelles collaborations avec le monde socio-économique.

Cette proposition vise à :

• combler le manque de transfert opérationnel vers des laboratoires privés pour une analyse de routine.
• mettre en place des protocoles et une plateforme de dépôt des nouvelles données qui seront produites dans le futur en open-access.

Porteur du projet PITI

Fréderic Rimet (CARRTEL)

Unité de recherche

CARRTEL – Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Écosystèmes Limniques